L鈥櫭﹍aboration, par un consortium international dirig茅 par des chercheurs du Neuro, d鈥檜ne nouvelle norme en mati猫re d鈥檕rganisation des donn茅es en neurosciences favorisera le partage des donn茅es obtenues par magn茅toenc茅phalographie (MEG) et par 茅lectrophysiologie multimodale, une 茅tape importante vers l鈥檕bjectif que s鈥檈st donn茅 le Neuro de devenir un v茅ritable chef de file dans le domaine de la science ouverte.
Les chercheurs en neurosciences qui 艙uvrent partout dans le monde produisent chaque ann茅e des quantit茅s astronomiques de donn茅es, mais celles-ci ne sont utiles que si elles sont accessibles et interpr茅tables. L鈥檃jout d鈥檜ne telle quantit茅 d鈥檌nformation chaque jour fait de la gestion des donn茅es un v茅ritable enjeu, en raison notamment du fait que les neuroscientifiques organisent g茅n茅ralement leurs donn茅es d鈥檜ne fa莽on qui leur est propre et qui diff猫re bien souvent de la m茅thode utilis茅e non seulement par leurs coll猫gues d鈥檃utres institutions, mais 茅galement par d鈥檃utres membres de leur propre laboratoire.
Une initiative appel茅e a r茅cemment 茅t茅 mise sur pied afin de simplifier l鈥檕rganisation des donn茅es d鈥檌magerie par r茅sonance magn茅tique (IRM). Les 茅tudes d鈥橧RM comportent souvent plusieurs types d鈥檌mages, et il n鈥檈xistait encore aucun consensus sur la fa莽on d鈥檕rganiser les vastes corpus de donn茅es qu鈥檈lles g茅n猫rent. Les scientifiques qui souhaitaient reproduire certains r茅sultats 脿 partir des donn茅es d鈥檜n coll猫gue perdaient un temps pr茅cieux 脿 r茅organiser ces derni猫res afin de pouvoir les utiliser de fa莽on appropri茅e. La m茅thode d鈥檕rganisation des donn茅es BIDS a propos茅 une fa莽on plus simple et standardis茅e de classer les dossiers de donn茅es afin que l鈥檌nformation soit interpr茅table par l鈥檜tilisateur et exploitables par ordinateur.
Une nouvelle initiative internationale permet maintenant 脿 BIDS d鈥檌nt茅grer les donn茅es obtenues par MEG. L鈥檃ppareil utilis茅 pour la MEG mesure le champ magn茅tique r茅sultant de l鈥檃ctivit茅 茅lectrique des cellules c茅r茅brales, ou neurones. M锚me si ce champ magn茅tique est extr锚mement faible, l鈥檃ppareil peut le d茅tecter et le suivre 脿 l鈥櫭ヽhelle de la milliseconde.
芦Au Neuro, les chercheurs ont recours 脿 la MEG pour 茅tudier la dynamique des syst猫mes c茅r茅braux intervenant dans la cognition et la perception via des 茅tudes sur le langage, le vieillissement, la vision, l鈥檃udition et la m茅moire. On y a 茅galement recours pour diverses 茅tudes cliniques en neurosciences portant sur des volontaires atteints d鈥櫭﹑ilepsie ainsi que pour de nouvelles 茅tudes sur la maladie d鈥橝lzheimer et l鈥檃utisme禄, souligne SylvainBaillet, chercheur principal au Neuro et titulaire de la Chaire de recherche du Canada en neurosciences et analyse des m茅gadonn茅es. Il est 茅galement l鈥檃uteur, en compagnie de chercheurs internationaux, d鈥檜n article intitul茅 芦MEG-BIDS, the brain imaging data structure extended to magnetoencephalography禄, publi茅 r茅cemment dans la revue .
La MEG peut mesurer extr锚mement rapidement l鈥檃ctivit茅 c茅r茅brale, au moins 脿 la milliseconde pr猫s, ce qui constitue 脿 la fois un avantage et un d茅fi, selon le PrBaillet.
芦Il est vrai que nous pouvons obtenir rapidement des clich茅s uniques dans le domaine de l鈥檌magerie c茅r茅brale, mais la quantit茅 de donn茅es g茅n茅r茅es au cours d鈥檜ne exp茅rience de 30minutes sur une seule personne est consid茅rable, de l鈥檕rdre de trois gigaoctets par minute d鈥檃ctivit茅 c茅r茅brale. L鈥檌nterpr茅tation plus pr茅cise des donn茅es constitue notre principal axe de recherche, et le regroupement des sources de donn茅es de l鈥檈nsemble des chercheurs est un moyen d鈥檕btenir des r茅sultats plus solides.禄
Quelque 300centres de recherche et de soins cliniques utilisent la MEG dans le monde. Pourtant, ils n鈥檕nt recours 脿 aucune m茅thode standardis茅e commune pour l鈥檕rganisation ni des donn茅es brutes, soit les donn茅es de base enregistr茅es par l鈥檃ppareil, ni des m茅tadonn茅es essentielles, soit l鈥檌nformation sur les d茅tails de l鈥櫭﹖ude, les paradigmes de recherche ainsi que les renseignements d茅mographiques g茅n茅raux et anonymes sur les participants.
La norme BIDS appliqu茅e 脿 la MEG (MEG-BIDS) permet d鈥檕rganiser les donn茅es et les m茅tadonn茅es de fa莽on standardis茅e, quel que soit le format des donn茅es brutes sp茅cifique 脿 l鈥檃ppareil utilis茅. Les tentatives d鈥檋armonisation ant茅rieures ont 茅chou茅, car les concepteurs tentaient d鈥檌mposer un format de donn茅es commun diff茅rent de l鈥檕riginal. Elles se sont 茅galement heurt茅es 脿 un obstacle de taille: les formats de donn茅es propri茅taires des fournisseurs d鈥檃ppareils.
芦Nous avons d茅cid茅 d鈥檈mprunter une autre voie禄, explique SylvainBaillet. 芦Nous proposons de conserver les donn茅es brutes telles qu鈥檈lles sont g茅n茅r茅es par chaque appareil. Toutefois, tous les laboratoires stockeront ces donn茅es en respectant la m锚me m茅thode鈥� simple, mais syst茅matique鈥� pour l鈥檕rganisation des dossiers et des sous-dossiers sur le disque dur.禄
MEG-BIDS r猫gle le probl猫me de l鈥檕rganisation des donn茅es 茅lectrophysiologiques en standardisant la m茅thode utilis茅e pour les stocker, et ce, pour tous les laboratoires de tous les pays.
芦Mes donn茅es seraient organis茅es de la m锚me fa莽on que celles d鈥檜n chercheur qui travaille en Norv猫ge, aux 脡tats-Unis ou ailleurs dans le monde禄, explique le PrBaillet. 芦Cette fa莽on de proc茅der facilite l鈥櫭ヽhange et l鈥檌nterpr茅tation des donn茅es.禄
La rapidit茅 avec laquelle les utilisateurs de la MEG adopteront la norme MEG-BIDS d茅pend de deux facteurs.
芦Nous pouvons d茅j脿 mesurer l鈥檌nfluence d鈥檜n de ces facteurs. La compatibilit茅 avec MEG-BIDS pour la lecture et l鈥檃nalyse des donn茅es est offerte par plusieurs des principales bo卯tes 脿 outils gratuites de logiciels libres禄, souligne SylvainBaillet, qui coordonne le d茅veloppement 脿 l鈥櫭ヽhelle internationale de Brainstorm, logiciel libre compatible avec MEG-BIDS pour l鈥櫭﹍ectrophysiologie multimodale, qui compte environ 20000utilisateurs.
L鈥檃utre facteur mettra plus de temps 脿 se concr茅tiser. En effet, il faudra convaincre les partenaires du secteur priv茅 et les fournisseurs d鈥檃dopter la norme afin que leurs appareils puissent g茅n茅rer des donn茅es stockables dans MEG-BIDS imm茅diatement apr猫s avoir 茅t茅 obtenues.
MEG-BIDS est en parfaite ad茅quation avec la politique de science ouverte que le Neuro a adopt茅e en 2016 et qu鈥檌l s鈥檈mploie 脿 promouvoir activement au sein du milieu scientifique. Conform茅ment aux principes de la science ouverte, les chercheurs du Neuro peuvent communiquer librement leurs donn茅es et renoncer 脿 pr茅senter des demandes de brevets. Ce faisant, ils favorisent la diffusion plus rapide et plus large des donn茅es scientifiques afin que les r茅sultats de la recherche puissent se traduire par des applications cliniques dont b茅n茅ficieront les patients.
芦Lors de la planification et du d茅veloppement de MEG-BIDS, nous cherchions 脿 former un consortium compos茅 de sp茅cialistes en recherche fondamentale travaillant sur le terrain禄, affirme le PrBaillet. 芦Le processus s鈥檈st essentiellement d茅roul茅 sur le Web, dans des forums de discussion. Nous sommes parvenus 脿 un consensus, tous ensemble, dans le cadre d鈥檜ne approche ascendante. Le r茅sultat est le fruit d鈥檜ne collaboration internationale plut么t que d鈥檜n processus descendant dict茅 par une seule institution.禄
Fait inusit茅, le PrBaillet et ses coll猫gues d鈥檃utres pays ont r茅alis茅 en 2017 un sondage aupr猫s de78centres internationaux afin de mesurer leur int茅r锚t pour l鈥檌nitiative MEG-BIDS. Plus de 97pour cent des r茅pondants ont manifest茅 leur int茅r锚t pour l鈥櫭﹍aboration d鈥檜ne m茅thode standardis茅e pour l鈥檕rganisation des donn茅es obtenues par MEG et 茅taient dispos茅s 脿 essayer celle propos茅e par l鈥檌nitiative MEG-BIDS. Selon SylvainBaillet, la participation tant des neuroscientifiques que des experts en m茅gadonn茅es a permis de mettre au point un outil utile 脿 tous.
芦Si nous avions fait appel uniquement 脿 des informaticiens, l鈥檕util mis au point n鈥檃urait pas eu autant d鈥檌nt茅r锚t pour les neuroscientifiques, et vice-versa禄, souligne le PrBaillet. 芦Je suis heureux que nous ayons pu en arriver 脿 un consensus sans avoir 脿 nous d茅placer pour nous rencontrer. Nous avons effectu茅 la partie la plus difficile du travail sur le Web, ce qui prouve qu鈥檃ujourd鈥檋ui, la science transcende les disciplines et les fronti猫res g茅ographiques.禄
