Modélisation lisse du séquençage au bisulfite (SOMNiBUS, pour Smooth modeling of bisulfite sequencing) : méthode de modélisation statistique des effets de covariance dans les mesures de méthylation de l’ADN obtenues par séquençage au bisulfite. Déceler les altérations pathologiques de la méthylation de l’ADN peut nous aider à mieux comprendre l’étiologie de différentes maladies. Conçu dans le laboratoire de la Pr Celia Greenwood par Kaiqiong Zhao pendant son doctorat (il est maintenant professeur adjoint à l’), cet algorithme repose sur une méthode très puissante de détection des associations entre des phénotypes et des mesures de la méthylation basées sur des données de séquençage dans des régions prédéfinies du génome.
SOMNiBUS génère une estimation des relations entre les phénotypes ou les covariants et les motifs de méthylation. Il tire sa puissance statistique des mesures des régions adjacentes du génome. Cette stratégie permet d’optimiser l’utilisation de jeux de données incomplets ou issus d’un nombre de lectures limité. Elle permet aussi de travailler autour des erreurs de séquençage et d’ajuster la méthode en fonction de la variabilité des types cellulaires analysés.
