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Les procédures pour la nomination d'un examinateur externe pour la thèse de maitrise et sa soumission sont définis dans un document séparé. Il y a trois opportunités dans une année pour soumettre la thèse de maitrise, qui mènent à l'obtention du diplôme de maitrise en juin, en octobre ou en février. Les trois dates limites sont à la mi-mars, la mi-juillet et la mi-novembre, les dates précises varient d'une année à l'autre.
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Il est attendu que les étudiants de maitrise présentent les résultats de leur projet de recherche dans un séminaire de physique médicale. La présentation est évaluée par les membres de l'Unité de Physique Médicale (UPM), ce qui fait parti de la note finale pour la thèse.